Skip to contents

Example qPCR data

Source: R/data.r
qpcr_names.Rd

Experimental variables include:

Usage

qpcr_names

Format

qPCR sample names in 96 well format.

Details

  • cell line (wt, mut)

  • gene (IFN, ACTIN)

  • time (0, 12, 24, 48)

  • reverse transcriptase (+, -)

  • replicate (1, 2, 3)

Varaibles are encoded in samples names: cell_time_gene_rt_rep.

Examples

qpcr_names
#> # A tibble: 8 × 13
#>   row   `1`    `2`   `3`   `4`   `5`   `6`   `7`   `8`   `9`   `10`  `11` 
#>   <chr> <chr>  <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 A     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_0… wt_1… wt_2… wt_2…
#> 2 B     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_0… wt_1… wt_2… wt_2…
#> 3 C     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_0… wt_1… wt_2… wt_2…
#> 4 D     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_0… wt_1… wt_2… wt_2…
#> 5 E     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_1… wt_1… wt_2… wt_4…
#> 6 F     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_1… wt_1… wt_2… wt_4…
#> 7 G     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_1… wt_1… wt_2… wt_4…
#> 8 H     mut_0… mut_… mut_… mut_… mut_… mut_… wt_0… wt_1… wt_1… wt_2… wt_4…
#> # … with 1 more variable: `12` <chr>