Shuffle input intervals.

bed_shuffle(
  x,
  genome,
  incl = NULL,
  excl = NULL,
  max_tries = 1000,
  within = FALSE,
  seed = 0
)

Arguments

x

ivl_df

genome

genome_df

incl

ivl_df of included intervals

excl

ivl_df of excluded intervals

max_tries

maximum tries to identify a bounded interval

within

shuffle within chromosomes

seed

seed for reproducible intervals

Value

ivl_df

See also

Examples

genome <- tibble::tribble( ~chrom, ~size, "chr1", 1e6, "chr2", 2e6, "chr3", 4e6 ) x <- bed_random(genome, seed = 1010486) bed_shuffle(x, genome, seed = 9830491)
#> chrom start end #> 1 chr2 1998650 1999650 #> 2 chr2 1775530 1776530 #> 3 chr2 715183 716183 #> 4 chr2 1778306 1779306 #> 5 chr3 2361751 2362751 #> 6 chr2 1817964 1818964 #> 7 chr3 297003 298003 #> 8 chr2 1250858 1251858 #> 9 chr1 443626 444626 #> 10 chr3 2210925 2211925 #> 11 chr2 1605831 1606831 #> 12 chr3 3545693 3546693 #> 13 chr2 590965 591965 #> 14 chr2 1576593 1577593 #> 15 chr3 3317136 3318136 #> 16 chr3 310398 311398 #> 17 chr1 552313 553313 #> 18 chr3 2558971 2559971 #> 19 chr3 3660280 3661280 #> 20 chr3 2970164 2971164 #> 21 chr3 3013639 3014639 #> 22 chr3 71692 72692 #> 23 chr2 1311457 1312457 #> 24 chr2 341079 342079 #> 25 chr2 1170676 1171676 #> 26 chr2 241132 242132 #> 27 chr1 403795 404795 #> 28 chr2 1199328 1200328 #> 29 chr1 256555 257555 #> 30 chr3 3017751 3018751 #> 31 chr1 1328 2328 #> 32 chr3 1932422 1933422 #> 33 chr3 453676 454676 #> 34 chr3 2169098 2170098 #> 35 chr3 903681 904681 #> 36 chr3 612171 613171 #> 37 chr3 2824301 2825301 #> 38 chr3 2504294 2505294 #> 39 chr2 517508 518508 #> 40 chr1 916601 917601 #> 41 chr3 1567826 1568826 #> 42 chr3 639552 640552 #> 43 chr3 545978 546978 #> 44 chr1 323185 324185 #> 45 chr1 866666 867666 #> 46 chr3 3815203 3816203 #> 47 chr3 2626820 2627820 #> 48 chr3 1316253 1317253 #> 49 chr1 593785 594785 #> 50 chr1 896369 897369 #> 51 chr2 137380 138380 #> 52 chr2 1462340 1463340 #> 53 chr2 1968379 1969379 #> 54 chr3 3399883 3400883 #> 55 chr3 106390 107390 #> 56 chr3 3491591 3492591 #> 57 chr3 19433 20433 #> 58 chr2 356976 357976 #> 59 chr3 3681744 3682744 #> 60 chr3 1387680 1388680 #> 61 chr1 240448 241448 #> 62 chr2 1768650 1769650 #> 63 chr2 827006 828006 #> 64 chr2 1405156 1406156 #> 65 chr3 517580 518580 #> 66 chr3 2963853 2964853 #> 67 chr2 1993563 1994563 #> 68 chr3 3309803 3310803 #> 69 chr3 2951924 2952924 #> 70 chr3 280544 281544 #> 71 chr3 3698101 3699101 #> 72 chr2 1836281 1837281 #> 73 chr3 3427856 3428856 #> 74 chr3 2265298 2266298 #> 75 chr3 1237156 1238156 #> 76 chr3 1954624 1955624 #> 77 chr1 621598 622598 #> 78 chr1 70230 71230 #> 79 chr3 2547215 2548215 #> 80 chr2 473779 474779 #> 81 chr3 1312476 1313476 #> 82 chr1 25997 26997 #> 83 chr3 2965150 2966150 #> 84 chr3 107357 108357 #> 85 chr2 948793 949793 #> 86 chr3 435205 436205 #> 87 chr2 93682 94682 #> 88 chr2 1792538 1793538 #> 89 chr3 3385129 3386129 #> 90 chr3 443369 444369 #> 91 chr3 42136 43136 #> 92 chr3 3163506 3164506 #> 93 chr1 906080 907080 #> 94 chr3 928406 929406 #> 95 chr2 1230022 1231022 #> 96 chr1 683435 684435 #> 97 chr1 18802 19802 #> 98 chr2 1505477 1506477 #> 99 chr3 786688 787688 #> 100 chr1 230906 231906 #> 101 chr1 362156 363156 #> 102 chr2 726216 727216 #> 103 chr2 1636552 1637552 #> 104 chr2 1071646 1072646 #> 105 chr3 3181633 3182633 #> 106 chr2 1095559 1096559 #> 107 chr2 1579569 1580569 #> 108 chr3 737749 738749 #> 109 chr2 292059 293059 #> 110 chr3 2003129 2004129 #> 111 chr1 331637 332637 #> 112 chr3 2561374 2562374 #> 113 chr2 3316 4316 #> 114 chr3 647878 648878 #> 115 chr3 978215 979215 #> 116 chr1 549094 550094 #> 117 chr2 780044 781044 #> 118 chr1 636427 637427 #> 119 chr3 1247967 1248967 #> 120 chr1 152559 153559 #> 121 chr3 339886 340886 #> 122 chr3 770140 771140 #> 123 chr3 3771126 3772126 #> 124 chr3 3055944 3056944 #> 125 chr2 734100 735100 #> 126 chr2 546357 547357 #> 127 chr1 961777 962777 #> 128 chr2 51876 52876 #> 129 chr3 3175930 3176930 #> 130 chr1 872163 873163 #> 131 chr1 943577 944577 #> 132 chr3 1556156 1557156 #> 133 chr3 1189410 1190410 #> 134 chr1 961650 962650 #> 135 chr3 1228992 1229992 #> 136 chr2 1745220 1746220 #> 137 chr1 194839 195839 #> 138 chr3 3445494 3446494 #> 139 chr3 2083857 2084857 #> 140 chr3 1022021 1023021 #> 141 chr2 1054482 1055482 #> 142 chr3 876726 877726 #> 143 chr3 3958540 3959540 #> 144 chr3 500169 501169 #> 145 chr3 3113157 3114157 #> 146 chr1 181002 182002 #> 147 chr2 730450 731450 #> 148 chr3 3368757 3369757 #> 149 chr2 1775191 1776191 #> 150 chr2 1786239 1787239 #> 151 chr3 3044159 3045159 #> 152 chr3 2699360 2700360 #> 153 chr2 488332 489332 #> 154 chr1 99034 100034 #> 155 chr3 3620280 3621280 #> 156 chr3 2061783 2062783 #> 157 chr2 1552456 1553456 #> 158 chr3 2701603 2702603 #> 159 chr2 769955 770955 #> 160 chr2 1539972 1540972 #> 161 chr3 2306727 2307727 #> 162 chr3 1588863 1589863 #> 163 chr2 145504 146504 #> 164 chr2 1624344 1625344 #> 165 chr3 3979312 3980312 #> 166 chr3 2537471 2538471 #> 167 chr2 150439 151439 #> 168 chr3 3771694 3772694 #> 169 chr3 2541082 2542082 #> 170 chr3 3048416 3049416 #> 171 chr3 556309 557309 #> 172 chr2 1545219 1546219 #> 173 chr2 241935 242935 #> 174 chr3 687807 688807 #> 175 chr2 411521 412521 #> 176 chr2 1932064 1933064 #> 177 chr3 1790880 1791880 #> 178 chr3 2897878 2898878 #> 179 chr1 442636 443636 #> 180 chr3 3747258 3748258 #> 181 chr3 933091 934091 #> 182 chr3 372876 373876 #> 183 chr3 2854789 2855789 #> 184 chr2 1925682 1926682 #> 185 chr3 3146055 3147055 #> 186 chr3 3102074 3103074 #> 187 chr2 763280 764280 #> 188 chr1 104460 105460 #> 189 chr1 521641 522641 #> 190 chr3 1241226 1242226 #> 191 chr2 384888 385888 #> 192 chr3 3672727 3673727 #> 193 chr3 334431 335431 #> 194 chr3 1583242 1584242 #> 195 chr3 3064598 3065598 #> 196 chr1 97119 98119 #> 197 chr3 498089 499089 #> 198 chr3 1485725 1486725 #> 199 chr1 65694 66694 #> 200 chr3 1779355 1780355 #> 201 chr2 1578686 1579686 #> 202 chr3 3373914 3374914 #> 203 chr2 480104 481104 #> 204 chr3 3678948 3679948 #> 205 chr2 939417 940417 #> 206 chr2 206850 207850 #> 207 chr3 2965543 2966543 #> 208 chr3 204835 205835 #> 209 chr3 100962 101962 #> 210 chr3 3433183 3434183 #> 211 chr2 1024768 1025768 #> 212 chr3 313291 314291 #> 213 chr3 1727190 1728190 #> 214 chr3 3172564 3173564 #> 215 chr3 1230137 1231137 #> 216 chr2 1295362 1296362 #> 217 chr2 1723019 1724019 #> 218 chr1 942669 943669 #> 219 chr3 1185443 1186443 #> 220 chr3 3884014 3885014 #> 221 chr3 2452349 2453349 #> 222 chr2 695310 696310 #> 223 chr2 1959664 1960664 #> 224 chr3 2017824 2018824 #> 225 chr2 1905677 1906677 #> 226 chr2 1857011 1858011 #> 227 chr3 1683834 1684834 #> 228 chr3 632886 633886 #> 229 chr3 2116211 2117211 #> 230 chr3 1643128 1644128 #> 231 chr2 981443 982443 #> 232 chr2 1161756 1162756 #> 233 chr3 2764279 2765279 #> 234 chr3 2612870 2613870 #> 235 chr2 377352 378352 #> 236 chr1 181909 182909 #> 237 chr3 384602 385602 #> 238 chr3 1238584 1239584 #> 239 chr2 915907 916907 #> 240 chr2 286102 287102 #> 241 chr3 1449146 1450146 #> 242 chr3 99898 100898 #> 243 chr3 2521804 2522804 #> 244 chr3 546219 547219 #> 245 chr1 36251 37251 #> 246 chr2 1423897 1424897 #> 247 chr2 1638598 1639598 #> 248 chr1 17277 18277 #> 249 chr2 1563244 1564244 #> 250 chr2 257490 258490 #> 251 chr3 3696958 3697958 #> 252 chr2 1132900 1133900 #> 253 chr2 1848984 1849984 #> 254 chr3 3693610 3694610 #> 255 chr2 610053 611053 #> 256 chr3 353421 354421 #> 257 chr3 3267030 3268030 #> 258 chr2 168645 169645 #> 259 chr3 1858597 1859597 #> 260 chr3 1400720 1401720 #> 261 chr3 3625656 3626656 #> 262 chr3 3413347 3414347 #> 263 chr1 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